Институт морфологии человека был организован на основании приказа Министерства здравоохранения СССР № 495 от 28 ноября 1960 г. и начал свою деятельность с начала 1961 г., располагаясь первоначально на базе патологоанатомического отделения крупного многопрофильного клинического учреждения – Московского областного научно-исследовательского института им. М.Ф. Владимирского. В 1973 г. Институт морфологии человека переселился в собственное здание на улице Цюрупы.
У истоков создания института стояли выдающиеся отечественные патологи и морфологи – Н.А. Краевский, И.В. Давыдовский, Д.А. Жданов, В.В. Португалов, Я.Л. Рапопорт, М.А. Скворцов, А.И. Струков, Р.Д. Штерн.
Основателем института и его первым директором был академик АМН СССР Александр Павлович Авцын.
Институт морфологии человека является преемником Института нормальной и патологической морфологии АМН СССР, созданного после окончания Великой Отечественной войны и руководимого виднейшим патологом страны академиком Алексеем Ивановичем Абрикосовым. Этот институт просуществовал всего 5 лет и был необоснованно закрыт в 1950 г. в ходе перегибов культа личности под флагом борьбы с так называемым вирховианством. Через 10 лет 20 апреля 1960 г. под председательством академика-секретаря отделения медико-биологических наук Академии медицинских наук СССР академика АМН СССР Н.А. Краевского состоялось совещание специалистов-морфологов, на котором было принято важное решение о необходимости создания в системе АМН СССР единственного в своем роде Института морфологии человека, который призван объединить наиболее квалифицированных специалистов-морфологов различного профиля и обе-спечить успешное развитие морфологических исследований и подготовку научных кадров в области морфологии.
Упомянутым приказом Минздрава СССР перед институтом были поставлены следующие задачи: научно-методическое руководство патологоанатомическими учреждениями органов здраво-охранения, координация научных исследований по линии изучения патологической анатомии важнейших заболеваний человека, анализ причин смерти, а также дефектов диагностики и лечения, статистическая разработка патологоанатомических материалов, организация научных исследований по важнейшим проблемам здравоохранения с участием специалистов-морфологов различного профиля (патологоанатомов, анатомов, гистологов, эмбриологов), разработка и внедрение в практику морфологических лабораторий современных методов морфологических исследований, подготовка высококвалифицированных кадров в области нормальной и патологической морфологии человека. Основная задача научно-исследовательской деятельности института была определена как комплексное изучение морфологии человека в норме, патологии и индивидуальном развитии.
Наиболее существенный период деятельности института связан с именем А.П. Авцына, который возглавлял институт на протяжении 27 лет вплоть до 1988 г. и в последующем работал в институте до конца своей жизни (20 апреля 1993 г.) на посту советника дирекции. Те, кому посчастливилось лично знать Александра Павловича и общаться с ним, навсегда сохранят в памяти его светлый образ, образ человека огромного масштаба, обладавшего энциклопедическими знаниями, мощным интеллектом, высочайшим профессионализмом, большим человеческим обаянием и мудростью. Он видел предназначение института в органическом единении глубоких фундаментальных разработок для познания основополагающих медико-биологическиих закономерностей и прикладных исследований, для решения наиболее актуальных для здравоохра-нения задач клинической практики. С этой целью он привлек в институт выдающихся специалистов из Москвы и разных регионов Советского Союза. Первые лаборатории института возглавляли такие известные ученые, как И.В. Давыдовский, Д.А. Жданов, А.И. Струков, М.А. Скворцов.
В 1988 г. Институт возглавил видный ученый академик РАМН Николай Константинович Пермяков. В тяжелое для страны и науки время социально-экономических перемен, в условиях почти полного прекращения государственного финансирования он сумел сохранить научный коллектив, здание и оборудование НИИ морфологии человека. На базе Института морфологии человека Н.К. Пермяков организовал и возглавил кафедру патологической анатомии факультета последипломного профессионального образования врачей Московской медицинской академииим. И.М. Сеченова, которая внесла весомый вклад в подготовку кадров врачей-патологоанатомов для системы здравоохранения Москвы и Московской области. Николай Константинович внес в научную проблематику института новое направление - патологическая анатомия экстремальных состояний. Основной проблемой исследований, проводимых в руководимой им лаборатории, было изучение патогенеза терминальных состояний и шока, в частности, эндотоксинового.
После ухода из жизни Н.К. Пермякова (1999 г.) директором Института стал ученик академика А.И. Струкова член-корреспондент РАН, профессор Лев Владимирович Кактурский, президент Российского общества патологоанатомов. Под его руководством была создана система сертификации патологоанатомических исследований и проводится работа по совершенствованию патологоанатомической службы Российской Федерации. В 2015 г. Л.В. Кактурский занял пост научного руководителя Института.
В апреле 2015 года руководство институтом было возложено на ученицу академика А.И. Струкова профессора О.В. Макарову. Помимо административной, она вела большую научную и педагогическую деятельность, являясь профессором кафедры клеточной биологии и гистологии биологического факультета МГУ им. М.В.Ломоносова и заведующей лабораторией иммуноморфологии воспаления ФГБНУ НИИМЧ, в которой изучаются половые и индивидуальные различия реакции иммунной системы при стрессорных воздействиях и инфекционно-воспалительных заболеваниях.
С 15 февраля 2019 года НИИ морфологии человека возглавляет ученица академика А.П.Авцына профессор Людмила Михайловна Михалева, кадровый сотрудник Института, прошедшая в его стенах путь от ординатора до заведующего лабораторией клинической морфологии. Научную деятельность в области онкоморфологии и морфологии воспалительных заболеваний Л.М.Михалева успешно сочетает с практической и педагогической работой.
Основные направления научной работы Института – фундаментальные и прикладные исследования структурно-функциональных и молекулярно-биологических основ жизнедеятельности человека в пре- и постнатальном онтогенезе в норме и патологии, включая проблемы патологической анатомии, патогенетических механизмов важнейших заболеваний человека, функциональной морфологии интегративных систем организма (нервной, эндокринной, иммунной), молекулярных и клеточных механизмов воспаления и регенерации, разработки основ клеточных технологий, экспериментального моделирования заболеваний человека.
Научные разработки Института направлены на получение результатов, имеющих приоритетное значение для теории и практики отечественного здравоохранения. В области онкоморфологии разработаны молекулярно-биологические критерии, определены диагностические и прогностические маркеры прогрессии опухолей, востребованные клиницистами для выбора таргетной терапии. Выявлены клинико-морфологические особенности оппортунистических заболеваний при ВИЧ-инфекции. Проведены уникальные исследования по влиянию эндокринных дисрапторов на иммунную и эндокринную системы потомства, установлению механизмов невынашивания беременности при патологии в системе «мать-плацента-плод», определению нейро-эндокринных механизмов пренатального развития островков поджелудочной железы с идентификацией ключевых моментов, способствующих развитию сахарного диабета. Установлены иммунобиологические механизмы половых и возрастных различий течения инфекционно-воспалительных заболеваний как обоснование подхода к персонифицированной медицине. Открыт универсальный характер инфрадианных биоритмов с прогнозированием их фаз с целью повышения защитных сил и работоспособности человека в экстремальных условиях.
Институт ведет активную образовательную деятельность по подготовке научно-педагогических кадров в области морфологии в соответствии с аккредитацией и лицензией на образовательную деятельность по специальностям: патологическая анатомия (аспирантура, ординатура), клеточная биология, гистология и цитология (медицинские и биологические науки). Диссертационный совет Д 001.004.01 при ФГБНУ НИИМЧ проводит защиты докторских и кандидатских диссертаций по указанным специальностям.
Консультативно-диагностический центр Института в соответствии с лицензией на медицинскую деятельность осуществляет прижизненную морфологическую диагностику заболеваний человека и доклиническую морфологическую оценку эффективности действия фармакологических препаратов.
Институт издает включенный в Перечень ВАК РФ научно-практический журнал «Клиническая и экспериментальная морфология».
На базе Института функционируют Российское общество патологоанатомов и его Московское отделение, работает Автономная некоммерческая организация «Система добровольной сертификации патологоанатомических исследований».